Las Unidades de Investigación que se dedican al estudio de temas de Química Farmacéutica son: Laboratorio de Investigación de Productos Naturales, Investigaciones en Toxicología e Investigación en Atención Farmacéutica. Entre los laboratorios que prestan servicios a la sociedad guatemalteca se encuentran: Laboratorio de Producción de Medicamentos (LAPROMED), Servicio de consulta Terapéutica y Toxicológica (SECOTT), Departamento de Toxicología “Julio Valladares Márquez” y el Centro Guatemalteco de Información de Medicamentos (CEGIMED).
